Eukaryoten hebben een cel die veel groter is en anders ingedeeld dan bij de prokaryotische oercellen. Ze hebben onder andere een celkern waarin het erfelijk materiaal opgeslagen zit. Sommige cellen kunnen zich voortbewegen. De nieuwe functies van deze cellen zorgden er ook voor dat het DNA groter werd.
Onderzoek aan het ontstaan van eukaryoten uit prokaryoten is moeilijk omdat er weinig tussenstappen bekend zijn en de keur aan potentiële prokaryotische voorgangers groot is. Computermodellen bieden een uitkomst de mogelijke stappen, die tot de eerste eukaryoot hebben geleid, beter inzichtelijk te maken. Deze modellen kunnen mogelijk het idee ondersteunen dat het ontstaan van eukaryoten een zeldzame, eenmalige gebeurtenis was.